Softwares vía Lmod, EasyBuild y Spack

Usar Softwares globales mediante Lmod

El comando sudo no esta permitido para los usuarios, sí tiene dudas con alguna instalación contacte al administrador

# se recomienda limpiar todos los modulos antes de comenzar
module purge
# listar softwares disponibles
module avail

# cargar un software por ejemplo mpi5
module load ompi/openmpi5-x86_64

# Limpiar software cargado
module del ompi/openmpi5-x86_64

# Limpiar todos los softwares cargados
module purge

Easybuild

Easybuild es un software que permite instalar software en el hpc, estos softwares pueden ser instalados de forma global por el administrador o de forma local por cada usuario consumiendo su espacio de almacenamiento

# Cargar listado de softwares globales
module load softwares
# aparecera una nueva fila nombrada /share/apps/easybuild/softwares 
module avail

Como instalar software

La lista de softwares puede encontrarse en

https://docs.easybuild.io/version-specific/supported-software/

# Cargar easybuild
module load easybuild/4.9.2
# buscar la versión del software por ej julia
eb -S julia
# para instalar eb nombreSoftware-version.eb  
# --robot permite instalar dependencias automaticamente
eb Julia-1.8.5-linux-x86_64.eb --robot
# listamos los nuevos softwares instalados  
# aparecera una nueva ruta /nfs_home/nombreUsuario/.local/easybuild/modules/all
module avail

Spack

Spack permite instalar diferentes tipos de softwares de forma global para todos los usuarios, el catálogo de spack tiene varios softwares y distintas versiones.

La lista de softwares puede encontrarse en

https://packages.spack.io/

Puede solicitar al administrador la instalación de softwares de spack

Cargar listado de softwares globales

# cargar spack
module load spack/0.22.2
# listar sofwares instalados
spack find
# cargar la ultima versión de un modulo
spack load gcc
# cargar la versión especifica de un modulo
spack load [email protected]
# listar module cargados
spack find --loaded
# desactivar un modulo en particular
spack unload [email protected]
# desactivar todos los modulos cargados
spack unload

Algunos módulos requieren tener activado "shell support para ello ejecute en su terminal o agregue a su script de slurm

. /share/pub/apps/spack/0.22.2/share/spack/setup-env.sh